Wszystkie podsystemy na pokładzie PW-Sat2 sterowane są przez komputer pokładowy (On-board Computer – OBC). OBC przetwarza telekomendy odebrane z Ziemi, monitoruje aktualny stan satelity, automatycznie wykonuje zaplanowane zadania oraz zbiera dane telemetryczne ze wszystkich podsystemów i obraz z kamer. Oparty jest o platformę CubeComputer V3 firmy CubeSpace, która bazuje na mikrokontrolerze EFM32 (ARM Cortex-M3). Dane przechowywane są w zewnętrznej pamięci Flash, która znajduje się na płytce Payload’u (PLD).
Płytka komputera pokładowego została zakupiona przez firmę FP Instruments z Gliwic.